Nie przeszkadza. Pod literą C masz drugą stronę dyskietki w napędzie A (analogicznie B i D).
Jeśli dyskietka jest sformatowana dwustronnie, to na drugiej stronie nie ma tablicy plików, czyli tak jakby była nie sformatowana. Stacja taką dyskietkę ignoruje i nie czyta wtedy z pod C.