Nie wiem jak było przed FlashFloppy (HFE kojarzy mi się raczej z HxC, nie z Gotekiem), ale teraz czyta nie tylko DSK, ale i wiele innych formatów. HFE też.
Plik FF.CFG wystarczy bez względu na to, do jakiego komputera jest ten Gotek podłączony. Zdaje się, że powinno działać nawet bez niego. O ile kojarzę, to ma w pamięci poprzednią konfigurację i gdy znajdzie plik FF.CFG, to ją na starcie uaktualnia. Być może dla MSX trzeba coś szczególnego ustawiać w konfiguracji, tego nie wiem. Przejrzałbym historię wersji, rzeczy specyficzne dla różnych platform są tam opisywane.