Wydaje mi się jeśli wszystko już sprawdzone i nic nie pomaga że to też jeszcze może być coś nie tak z samym PCB.
Kiedyś walczyłem z jednym urządzeniem pomiarowym i Panie cuda oraz czary z mleka się działy, układ (tor analogowy) zrobiony na pająku działał bezproblemowo a na oryginalnej płytce jakieś offsety i dziwne napięcia z pupy.

Po dokładniejszych oględzinach pod mikroskopem okazało się że laminat był nasiąknięty starym elektrolitem z wylanych kondensatorów i zwykłe umycie go kontakt-sprajem nic nie wnosiło do poprawy.
Dodatkowo na rozlutowanej płycie pomiędzy sąsiadującymi ścieżkami/przelotkami zrobiły się ogniwa galwaniczne i woltomierz wykazywał pomiędzy niektórymi ścieżkami napięcia od kilku do kilkunastu mV co mogło mieć wpływ na wadliwe działanie toru analogowego.
Pomogło dopiero dokładne wykąpanie całej płyty w silnym detergencie w myjce ultradźwiękowej, wypłukanie w wodzie destylowanej i porządne osuszenie całości kompresorem i potem wygrzanie jej Hot-Air'em.