Ja bym nie czekał i sprawdził to już za wczasu jak tam jest, bo jeśli jakiś bufor ~3245 puścił Ci się na zwarcie to mogłeś uwalić już kolejne CPLD jeśli dostał poziomy od logiki 5V, wtedy ograniczysz sobie pole poszukiwań 
Ok, sprawdziłem oscyloskopem co się dzieje po obydwu stronach buforów. Dobra wiadomość jest taka, że nigdzie w domenie 3,3V nie widać sygnałów 5V.
Zaobserwowałem natomiast kilka podejrzanych sytuacji.
U3
- Na linii A10 po stronie CPU impulsy 5V, po stronie CPLD widoczny szum w okolicy stanu niskiego.
- Na liniach D6 i D7 po stronie CPU stan niski, po stronie CPLD 3V z widocznym szumem.
- Na linii D5 brak aktywności - po obydwu stronach około 3V.
- Na liniach D3 i D4 po stronie CPU stan niski, po stronie CPLD impulsy 3V.
- Brak aktywności na liniach A14 i A15 - po obydwu stronach stan niski
U5
- Brak aktywności na linii WR (cały czas stan wysoki)
- Brak aktywności na linii A8 (cały czas stan niski)
- Brak aktywności na linii A9 (cały czas stan niski)
U10
- Brak aktywności na linii IORQ (cały czas stan wysoki)
Dodatkowo na pozostałych liniach danych impulsy mają maksymalną wartość w powyżej 3V - po obydwu stronach. Dodatkowo te sygnały mają bardziej analogowy charakter, z widocznymi okresami narastania wartości. Zakładam jednak, że jest to normalne i stanowi wynik okresowego przełączania linii w stan wysokiej impedancji.
Jeśli uwalił Ci się już jakiś pin CPLD to jeszcze nic straconego, bo można coś poczarować ze zmianą konfiguracji pinów w pliku źródłowym wsadu i wykorzystać jeden z pinów nadmiarowych w tym projekcie (są chyba ze 4), następnie przekompilować/przesyntezować wsad do CPLD.
(a miałem dwukrotnie taką konieczność, i wtedy ponowna synteza wsadu, cięcie ścieżki i dodatkowy kros załatwiły sprawę
)
Trochę szkoda byłoby mi ciąć płytkę, pewnie zamówiłbym po prostu kilka kolejnych egzemplarzy Alter.

Na razie jednak wygląda na to, że trafiły mi się uwalone bufory, i to cały zestaw, bo wymieniłem wszystkie z nich na inne egzemplarze z tego samego źródła, a problem wciąż występuje.
Szczęśliwie nie widać nigdzie sygnałów 5V po stronie 3V. Mam nadzieję, że poprzednia Altera również nie doświadczyła czegoś takiego z oryginalnym zestawem buforów i nadal jest w pełni sprawna. Jeśli jeszcze kiedyś będę składał Sizifa, to spróbuję jej użyć.
Generalnie kiedyś już przyszła mi z Aliexpress paczka z Alterami, które ewidentnie pochodziły z demontażu, a sprzedawca nie zadał sobie nawet trudu, żeby je "odnowić". Niestety osoba zajmująca się demontażem przeoczyła jeden drobny fakt - na obydwu egzemplarzach brakowało pinu - tego samego, wiec zapewne w oryginalnym projekcie został on usunięty celem przeprowadzenia ścieżki. niestety pin ten jest wykorzystany z Sizifie na zanegowany sygnał zegarowy, więc po prostu zamówiłem kolejne egzemplarze. Jednak kiedyś będę chciał przetestować te wybrakowane i zobaczyć, czy można nie uda mi się ich wykorzystać w jakimś własnym projekcie.